Bonferroni yöntemi bir ikişerli karşılaştırma yani post-hoc testidir. LSD, Tukey, Sidak, Scheffe, Dunnet gibi ikiden çok grup arasında fark çıktığında farklılığı yaratan grubu bulmak için yapılır. Eğer ikiden çok (3,4,5,...) grup yoksa (hasta, kontrol, vs.) veya gruplar arasında fark çıkmadıysa (p>0.05) Bonferroni testi veya başka bir ikişerli karşılaştırma (post-hoc) yapılmaz. Bonferroni testinde ikişerli karşılaştırmaları alfa yerine alfa/karşılaştırma sayısı ile karşılaştırılır. Böylece hata minimize edilmeye çalışılır. Diğer bir ifade ile alfa değeri sabit tutulmaya çalışılır. Örneğin 10 tane ikişerli karşılaştırma varsa p değeri -> 0.05/10 = 0.005'den küçük ise fark anlamlı kabul edilir. Eğer 3 tane ikişerli karşılaştırma varsa p değeri -> 0.05/3 = 0.016'den küçükse fark istatistiksel olarak anlamlı kabul edilir. Bonferroni yöntemi çok tutucu bir yöntem olduğu için 5'den fazla grup varsa önerilmemektedir. Örneğin Nonparametric Tests -> Independent Samples... menüsü yardımıyla Kruskal Wallis H testi yapıldığında gruplar arasında fark çıkıyorsa kullanılabilir. Burada ikiden çok grup arasında fark çıkmıştır. Farklılığı yaratan grubu bulmak için bonferroni testi yapılabilir. Bunun için ilgili satır çift tıklanır. View kısmından Pairwise Comparisons seçilir. Burada görülen sonuçlar (Adj. Sig.) Dunn-Bonferroni testi sonuçlarıdır. Dikkat ettiyseniz buradaki p değeri hemen yanındaki sig değerinin (düzeltilmemiş p değeri) 3 katıdır. Doğrudan bu sonucu 0.05 ile karşılaştırarak farklılık hakkında yorum yapılabilir. Buradan birinci ve ikinci grup arasında fark olduğu ancak diğer grupların birbirinden farklı olmadığı söylenebilir. Bu tabloyu outputa eklemek isterseniz Edit -> Copy Auxiliary view menüsü yardımıyla kopyaladıktan sonra outputa yapıştırabilirsiniz. Bonferroni testi Kruskal Wallis testi dışında parametrik karşılığı için de uygulanabilir. Bunun için Analyze -> Compara Means -> One-Way Anova... seçilir. Post-Hoc kısmından Bonferroni seçilerek yapılır. Unutmayın gruplar arasında fark yoksa post-hoc testleri yapılmayacaktır. Buradan ikinci ve üçüncü grup arasında fark olmadığı ancak birinci grubun diğerlerinden farklı olduğu söylenebilir.